เรื่องราวต่อจาก ไอ้แมงมุม ภาค 2 กับภัยร้ายครั้งใหม่จากนอกโลก สิ่งมีชีวิตสีดำที่กลืนกินชุดของสไปเดอร์แมนและทำให้มีพลังเพิ่มมากขึ้นทำให้ ปีเตอร์ กลับกลายเป้นคนที่ก้าวร้าว มั่นใจเกินไป จนถึงเวลาที่เขาต้องเลือกระหว่างพลังกำนาจ กับ การเป็นวีรบุรุษ และยังมีศัตรูที่น่ากลัวที่สุดอย่าง แซนแมน (โทมัส ฮาเดน เชิร์ช) และ อสรพิษวีนอม (โทเฟอร์ เกรส) รวมพลัง แก้แค้นอันยิ่งใหญ่ หวังจะกำจัด ปีเตอร์ และทุกคน